Crkva Sv. Marije nije stradala u velikom potresu 1880. godine pa je služila za bogoslužje tijekom obnove Katedrale. Uz Crkvu do sredine 19. stoljeća postojalo je groblje, a posljednji je u Crkvi pokopan zagrebački biskup dr. Josip Lang 1927. godine. Nakon rušenja Dolca 1925. godine i gradnje nove tržnice, Crkva Sv. Marije ostala je skrivena iz novih zgrada, otvorena još jedino prema zapadu i Tkalčićevoj ulici.